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哈尔滨工程大学源自1953年创办的中国人民解放军军事工程学院（哈军工），陈赓大将为首任院长，毛泽东主席为学院颁发《训词》，1959年被中共中央确定为全国重点大学。1966年退出军队序列更名为哈尔滨工程学院。1970年在哈军工原址以海军工程系为主体组建哈尔滨船舶工程学院（哈船院），1978年被国务院确定为全国重点大学。1994年更名为哈尔滨工程大学（哈工程）。学校先后隶属于第六机械工业部、中国船舶工业总公司、国防科工委，现隶属于工业和信息化部。2007年，成为国防科工委、教育部、黑龙江省人民政府、海军共建高校。2019年，成为工业和信息化部、教育部、黑龙江省人民政府、哈尔滨市人民政府共建高校。

哈尔滨工程大学是首批具有博士、硕士学位授予权单位，1996年被确定为首批“211工程”重点建设高校，2002年经教育部批准设立研究生院，2011年被确定为国家优势学科创新平台项目建设高校，2017年进入国家“双一流”建设行列。学校坚持“三海一核”（船舶工业、海军装备、海洋开发、核能应用）办学方略，为我国船舶工业、核工业、国防现代化和经济社会发展做出了重要贡献，已成为我国船海核领域高水平研究型大学。

哈尔滨工程大学全面贯彻新发展理念，建设人文校园、智慧校园、绿色校园、和谐校园、平安校园。2020年，学校入选全国文明校园。2024年，学校党委入选“全国党建工作示范高校”培育创建单位。学校占地面积140.05万平方米，建筑面积119.22万平方米。学校设有23家教学科研单位，设有40多个科研机构以及150多个科研和教学实验室，其中全国重点实验室6个，国家工程实验室1个，国家地方联合工程研究中心1个，国家级国际科技合作基地3个，国际联合实验室16个，前沿科学中心1个，工业和信息化部重点实验室18个，教育部重点实验室及工程研究中心9个，国家级电工电子教学基地1个，国家级实验教学示范中心7个，国家级虚拟仿真实验教学中心3个，国家大学生文化素质教育基地1个，国家级创新创业教育实践基地1个，国家工程专业学位研究生联合培养示范基地2个，教育部国别和区域研究中心1个，全国首批教育部-华为“智能基座”产教融合协同育人基地1个，国家级虚拟教研室建设试点6个。学校获教育部批复国家卓越工程师学院建设高校，获黑龙江省委编委批复牵头建设黑龙江工程师学院。学校哈军工纪念馆为全国爱国主义教育示范基地、全国首批科学家精神教育基地、首批“大思政课”实践教学基地。图书馆共有藏书765.8万册。

哈尔滨工程大学面向国家重大战略需求，秉承“强优固基、交叉跃升”建设理念，着力打造与世界一流大学相适应的优势突出、特色鲜明、交叉融合、协同发展的学科体系。现有一级学科博士学位授权点15个，一级学科硕士学位授权点32个，博士专业学位类别3个，硕士专业学位类别11个，博士后科研流动站12个，博士后科研工作站3个。现有本科招生专业43个，国家级一流本科专业建设点33个，通过工程教育专业认证的专业18个。学校工程学、材料科学、计算机科学、化学、环境/生态学、物理学6个学科进入ESI前1%，其中工程学进入世界前1‰。

哈尔滨工程大学坚持党管人才原则，深入贯彻人才强国战略，着力造就国际一流战略科学家、领军人才和创新团队，培养具有国际竞争力的青年人才后备军。学校现有教职工3027人，其中专任教师1955人，具有高级专业技术职务的专任教师1314人。教师队伍中现有院士6人（含双聘），“全国创新争先奖”获得者3人，各类国家级人才149人次，各类省部级人才120人次；“龙江学者”支持计划入选者24人。教育部创新团队2个，科技部创新人才推进计划重点领域创新团队2个，黑龙江省领军人才梯队8个。学校教师获评“全国教书育人楷模”“全国先进工作者”，1支团队获评中国青年五四奖章集体，3支团队入选“全国高校黄大年式教师团队”。