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山东中医药大学原为山东中医学院，创建于1958年，是新中国早期建立的中医药高等学府之一。1978年被确定为全国重点建设的中医院校，1978年获得硕士学位授予点，1981年成为山东省重点高校，1986年获得博士学位授予点，1996年更名为山东中医药大学。2007年学校主体搬迁至扁鹊故里长清。

山东中医药大学是山东省人民政府和国家中医药管理局共建院校、省级文明校园、省高水平学科和高水平大学。总占地2182亩，建筑面积75万平方米，现有位于济南市的长清校区、千佛山校区、国际医学中心校区和位于青岛市的海洋中药研究院（青岛中医药科学院）。全日制在校生23695人，其中本科生17770人，研究生5925人。图书馆馆藏纸质书刊138.7万册，电子图书80.8万册，古籍善本3万余册，是山东省古籍重点保护单位。设置18个教学机构、5个科研机构、5个教辅机构，3个直属附属医院。

山东中医药大学坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持“两个确立”，做到“两个维护”，紧紧围绕立德树人根本任务，坚持社会主义办学方向，全面贯彻党的教育方针，秉承“厚德怀仁、博学笃行”的校训，坚持“以文化人、厚重基础、注重传承、勇于创新”的办学特色，传承精华、守正创新，为党育人、为国育才，经过六十余年几代人辛勤耕耘和不懈奋斗，培养出十余万中医药和健康服务相关专业人才，综合办学实力和社会影响力显著提升。

山东中医药大学现有中医医史文献、中医内科学、中医基础理论3个国家重点学科，省属本科院校国家重点学科数量第一（省属本科院校共10个）。首批获得硕士、博士学位授权，有4个博士学位授权一级学科，9个硕士学位授权一级学科，首批成为国家“973”项目第一承担单位。中医学入选山东省“高峰学科”，中西医结合、中药学入选山东省“优势特色学科”，生物医学工程入选山东省“培育学科”。学校入选国家高水平中医药重点学科建设项目8个。

山东中医药大学积极打造中医药拔尖创新人才“山东模式”，开设扁鹊班、扁鹊书院以及华佗班、仓公班、凤梧班，王琦书院齐鲁分院落户学校，中医专业少年班典型经验被《人民日报》整版报道。现有33个本科招生专业，其中27个为国家级省级一流本科专业，数量位居中医药院校第四。国家医师资格考试通过率位列全国中医院校前三。承办2023年华佗杯全国高等院校针灸推拿临床技能大赛并获团体冠军。获全国《黄帝内经》知识大赛总决赛冠军，在首届全国中西医结合大学生临床能力大赛中获团体特等奖，连续三年蝉联中国大学生服务外包创新创业大赛一等奖。先后荣获第四届、第八届中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛金奖以及中国国际大学创新大赛（2023）研究生创意组金奖。学校先后被评为全国创新创业教育典型经验高校50强、教育部全国高校毕业生就业能力培训基地。

山东中医药大学现有博士生导师292人，其中兼职导师138人，硕士生导师1296人，其中兼职导师695名。张灿玾、尚德俊、张志远、王新陆4人荣获“国医大师”荣誉称号。丁书文、王新陆、张鸣鹤、连方、高树中5人荣获“全国名中医”荣誉称号。获“岐黄学者”荣誉称号5人、“青年岐黄学者”荣誉称号6人，泰山学者攀登计划专家2人、泰山学者特聘专家14人、泰山产业领军人才2人、泰山学者青年专家34人。荣获第三届全国创新争先奖1人、全国中医药杰出贡献奖2人、全国中医药高等学校教学名师2人，省部级有突出贡献的中青年专家26人，“全国高校黄大年式教师团队”2个。