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石河子大学前身为创建于1949年的中国人民解放军第一兵团卫生学校 （1978年发展为石河子医学院）。石河子大学有党政机构20个，群团组织2个，教学机构26个，教辅机构11个，科研机构6个，附属单位5个。

石河子大学现有经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学、交叉学科12大学科门类。

石河子大学有99个本科专业（招生专业90个）（28个国家一流专业建设点、20个省级一流专业建设点）、13个一级学科博士学位授权点（应用经济学、生物学、化学、机械工程、化学工程与技术、农业工程、食品科学与工程、作物学、园艺学、畜牧学、基础医学、药学、工商管理学）、2个博士专业学位授权点（机械、土木水利）、32个一级学科硕士学位授权点、36个硕士专业学位授权点。8个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站。现有国家一流建设学科1个（化学工程与技术）、国家重点学科1个（作物栽培学与耕作学）、部省合建学科群2个（化学工程与技术、农业工程），兵团重点学科15个。临床医学、农业科学、化学、植物与动物科学、工程学、材料科学、环境/生态学、药理学与毒理学8个学科进入ESI全球前1%。

石河子大学紧密围绕国家战略和区域重大需求，深入实施创新驱动发展战略，以深化科研体制机制改革为动力，强化基础研究和应用研究，促进科技成果转化，发挥大综合、强应用的学科优势，坚持产学研一体化道路，在“荒漠绿洲区高效农业与生态、动物遗传改良与疾病控制、新疆地方与民族高发病防治、新疆农产品高效贮藏与深加工、新疆特种植物药资源与开发、化工绿色工艺及新型材料技术、新疆特色农业生产机械化技术与装备、干旱区节水灌溉理论与技术、新疆生物资源保护与利用、空间信息技术与3S应用、新疆绿洲经济社会发展、新疆非物质文化遗产、中亚教育与人文交流、新疆少数民族教育发展与教育政策”等具有区位优势和特色的研究领域取得了突破性进展。

近五年来，石河子大学主动承担国家、兵团重大科研任务，立项各级各类项目2703项，科研总经费近10.53亿元。获省部级以上奖励32项，获授权有效专利1424件，以技术转让、技术开发等形式实施知识产权成果转化40件，技术交易额4900余万元。获教育部高等学校科学研究优秀成果奖（人文社会科学）三等奖2项，36项成果获得自治区哲学社会优秀成果奖，其中一等奖5项、二等奖4项、三等奖8项、优秀奖19项，获奖数居新疆高校前列。

石河子大学面向全国31个省（市、区）招生，现有在校学生32721人，其中普通本科生23229人、普通专科生516人，硕士、博士研究生8493人，留学生483人。有国家一流本科课程18门，省级一流本科课程75门。有国家级教学团队3个，国家级教学名师2人。作为第一完成单位获国家级教学成果二等奖5项，作为参与单位获国家级教学成果一等奖1项、二等奖3项。获批国家级实验教学示范中心1个，教育部第二批虚拟教研室建设试点项目2个。2门本科课程及其课程团队获评教育部课程思政示范课程、课程思政教学名师和团队，33门课程获批省级课程思政示范课，马克思主义学院入选全国重点培育单位。学校是国家级创新创业教育实践基地建设单位，学生获中国国际大学生创新大赛金奖5项、“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛一等奖4项、世界学生围棋王座战冠军1项。学校是教育部卓越（医生、工程师、农林人才）教育培养计划项目试点高校，设有6个卓越人才培养计划项目试点专业。学校坚持继承和弘扬中华优秀传统文化，依托国家大学生文化素质教育基地，积极构建特色鲜明的文化素质教育体系。设有继续教育学院，现有成人学生12109人。有临床教学医院8所，其中第一附属医院是国家住院医师规范化培训基地和国家住培全科重点专业基地，兵团唯一住培结业考核基地，拥有国家级临床重点专科8个、国家临床重点专科建设项目1个、兵团临床重点专科25个。

石河子大学现有教职工2803人，专任教师2080人（教授424人、副教授841人）。现有中国工程院院士4人，入选国家人才项目45人次，国务院特贴专家78人，全国高校黄大年式教师团队2个，自治区、兵团级人才370人。