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2016年6月24日，中国科学院西北生态环境资源研究院(简称中国科学院西北生态环境资源研究院）在兰州成立。中国科学院西北生态环境资源研究院实行院长负责制，整合了寒区旱区环境与工程研究所、兰州油气资源研究中心、兰州文献情报中心以及西北高原生物研究所、青海盐湖研究所。2023年5月17日，青海盐湖研究所、西北高原生物研究所由中国科学院西北生态环境资源研究院的下属事业单位调整为中国科学院直属事业单位。

中国科学院西北生态环境资源研究院是我国专门从事高寒干旱地区生态环境、自然资源和重大工程研究的国家级研究机构，其主要研究领域（如冰川、冻土、沙漠、生态、油气地质和资源环境信息等）均处于国内引领地位。

中国科学院西北生态环境资源研究院的建设目标为：一、服务国家“丝绸之路经济带”和西部大开发战略，以西北干旱高寒的特殊生态、环境、资源为主攻方向，为西北地区生态环境修复、资源勘探利用、重大工程建设和社会经济可持续发展的决策和实施提供科学依据；二、瞄准国际地球科学发展前沿，在大气圈—水圈—生物圈—冰冻圈—岩石圈相互作用与全球变化、区域气候与环境演变、生态系统退化机制与重建、水土和矿产等重要自然资源的形成与利用等领域建立国际先进水平的理论体系，并取得具有自主知识产权的创新科技成果；三、紧密结合国家西北地区可持续发展的迫切需求，充分发挥科技优势，研发西部地区生态环境资源与社会经济可持续发展相结合的关键技术和优化模式，通过大范围推广以获得巨大的社会、生态和经济效益；四、凝聚一批长期扎根西北的学科带头人和创新团队，促进西北生态环境资源科学及相关学科的发展，完善西北生态环境资源领域的研究、示范和推广应用的平台。

中国科学院西北生态环境资源研究院目前拥有2个国家重点实验室，1个国家数据中心，3个中国科学院重点实验室，8个甘肃、宁夏等省级重点实验室/工程中心，7个国家级野外观测研究试验站，17个中国科学院和研究所级野外观测研究实验站。中国科学院西北生态环境资源研究院将主要针对国家“丝绸之路经济带”建设、“一带一路”倡议和西北地区经济社会发展面临的重大科技任务，开展生态系统、环境变化、资源利用与可持续发展等领域的基础性、战略性、前瞻性、综合性重大基础科学研究、工程技术开发和第三方评估等工作，为努力实现 “四个率先”和“两加快一努力”目标，为解决国家西北地区在生态、环境、资源、农业、工程等领域的重大问题提供科学依据、技术支撑和决策支持。