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新疆维吾尔自治区总工会是中国共产党领导下的工人阶级群众组织，新疆维吾尔自治区总工会是党和政府联系职工群众的桥梁和纽带，新疆维吾尔自治区总工会也是国家政权的重要社会支柱。新疆维吾尔自治区总工会代表和维护会员及职工群众的合法权益，新疆维吾尔自治区总工会接受中共新疆维吾尔自治区党委和中华全国总工会的双重领导。

新疆维吾尔自治区总工会的主要职责如下：

维护职工合法权益：工会通过参与经济建设、劳动保护和职工权益的政策法规制定，监督法律法规的实施，参与劳动争议的调解和处理工作，维护职工的合法权益。

提供政策理论服务：研究工会政策理论，指导基层工会工作，确保工会工作沿着正确的方向前进。

推荐和管理工会领导干部：协助党委和有关部门管理工会干部，确保工会组织的领导力量。

负责工会经费管理：收缴、管理、使用工会经费，并进行内部审计，确保工会活动的正常开展。