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1949年6月南通区职工总会筹备委员会成立，1949年10月召开南通市第一届职工代表大会，成立南通市总工会。1966年5月“文化大革命”开始以后停止工作。1973年4月召开市工会第六次代表大会。至2023年，已召开十四次会员代表大会。截至2023年，南通市总工会下辖海安市总工会、如皋市总工会、如东县总工会、启东市总工会4个县级工会，崇川区总工会、通州区总工会、海门区总工会、南通开发区总工会、苏锡通园区总工会、通州湾示范区总工会6个区级工会，有市工人业余大学、市职工服务中心（南通国际海员俱乐部）、市劳动人民文化宫等5个直属事业单位，15个产业（系统）工会，15个集团公司工会，3个市级行业工会，89个直属基层工会。全市有基层工会1.43万个，涵盖法人单位3.8万个。

长期以来，南通各级工会破题出新、亮点频现，创造了一批在全国、全省具有示范引领作用的工作经验，破解了一些制约工会工作发展的难题，形成了百花齐放、争先创优的工作格局，取得了十多项国内和省内首创的工作业绩。