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高邮市总工会成立于1946年1月22日，1949年5月2日召开第一次工会代表大会，选举产生了高邮县职工联合会首届委员会，至今已召开十七届代表大会。

高邮市总工会机关现设置“五部两室”，即：办公室、组织部（基层工作部）、权益保障部、劳动和经济工作部、财务资产管理部、宣传教育和网络工作部、工会经费审查委员会办公室，另设市级机关工会工作委员会。下属事业单位：高邮市工人文化宫、高邮市职工服务中心。

高邮市总工会管辖全市13个乡镇（园区）工会，其中总工会建制9个，工会建制4个；15个系统工会、17个直属工会。截至2022年底，全市工会组织总数为5401家，其中属于行政事业单位工会的266家、非公企业工会的1838家，国有企业工会的41家，工会小组3256家，共有会员161960人。全市形成市、乡镇（园区）或系统（产业）及直属、村（社区）、企业（单位）三级工会组织架构。

高邮市总工会位于高邮市屏淮路4—1号，占地1877平方米，建筑面积3177.81平方米，主体6层。2021年5月正式搬迁。