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赣州市总工会是市委和省总工会领导下的群团组织，正县级机构。赣州市总工会机关设办公室、基层工作部、经济技术部、权益维护部(女工工作部)、宣教网络部、财务事业部、经费审查委员会办公室、机关党总支等8个部办。赣州市总工会下属正科级全额拨款事业单位市困难职工帮扶中心、正科级自收自支事业单位市职工保障和教育中心。

赣州市总工会主要职能是组织全市各级工会认真贯彻落实党的基本路线，以及党对工会工作的指示和新时代工运方针，团结引领广大职工听党话、跟党走;维护职工合法权益、竭诚服务职工群众。维护职工的经济、政治、文化和社会权利，组织职工参加民主管理和民主监督。弘扬劳模精神、劳动精神、工匠精神，动员和组织职工积极参加建设和改革，开展劳动和技能竞赛，推荐评选表彰全国、省、市劳动模范和先进工作者、五一劳动奖和工人先锋号;代表和组织职工参与国家和社会事务管理，参与企业、事业单位和机关的民主管理;教育职工践行社会主义核心价值观，不断提高思想道德素质、科学文化素质和技术技能素质，推进产业工人队伍建设改革。