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亳州市档案馆是亳州市档案局管理的官方档案管理机构，承担全市档案信息收藏、管理与服务公众的核心职能。

亳州市档案局是亳州市人民政府负责档案事业的行政管理部门，依法承担全市档案工作的监督、指导与行政执法职责；亳州市档案馆与亳州市档案局实行一个机构、两块牌子的管理体制，承担档案接收、征集、整理、保管与开发利用等公共服务职能，面向社会提供档案查阅、政府信息查阅与专题展览等服务。亳州市档案馆广泛收集、科学管理各类文书、照片、音像及实物档案，系统记录亳州城市发展、经济建设、社会变迁和重要事件，涵盖中医药文化发源与传承、三国曹魏文化积淀、中原农耕文明演进以及新时代产业转型与高质量发展历程，为历史研究、编史修志、资政育人提供可靠依据。亳州市档案局统筹推进档案法制建设、业务指导和信息化建设，指导机关、团体、企事业单位完善档案管理制度，提升档案管理规范化与数字化水平。亳州市档案馆不断优化查阅环境，拓展服务渠道，开展档案文化宣传与主题展览，增强公众档案意识，充分发挥档案在传承药都文脉与曹魏文化、服务民生需求、助力亳州现代化建设中的独特作用。